寺伝によると嘉祥３年（850）慈覚大師（じかくだいし）が東北巡遊の折、この地にさしかかると一面霧に覆われ、一歩も前に進めなくなりました。
ふと足元を見ると地面に白鹿の毛が点々と落ちているので、大師は不思議に思いその毛を辿ってゆくと、前方に白鹿がうずくまっていました。大師が近づくと白鹿の姿は霧のなかへ消え、やがてどこからともなく一人の白髪の老人が現れ、「この地は霊地であるから堂宇を建立するなら仏法が広まるであろう」と告げました。
大師は、この老人こそ薬師如来の化身と感じ、一宇の堂を建立し嘉祥寺（かしょうじ）と名付けました。これは毛越寺の開山にまつわる話です。

毛越寺はモウツウジと読みます。通常、越という字をツウとは読みませんが、越は慣用音でオツと読みます。
従ってモウオツジがモウツジになり、更にモウツウジに変化したものです。

毛越寺は慈覚大師円仁が開山し、藤原氏二代基衡（もとひら）から三代秀衡（ひでひら）の時代に多くの伽藍が造営されました。往時には堂塔４０僧坊５００を数え、中尊寺をしのぐほどの規模と華麗さであったといわれています。奥州藤原氏滅亡後、度重なる災禍に遭いすべての建物が焼失したが、現在大泉が池を中心とする浄土庭園と平安時代の伽藍遺構がほぼ完全な状態で保存されており、国の特別史跡・特別名勝の二重の指定を受けています。
平成元年、平安様式の新本堂が建立されました。

毛越寺境内は昭和２９年から５ヶ年間にわたって全面的に発掘され、その規模などほぼ全容があきらかにされました。その調査結果は、吾妻鏡などの古記録とも合致するものでした。伽藍復原図は、この発掘調査の資料をもとに画かれたものです。